Bahaya yang mungkin terjadi akibat kista nasofaring antara lain: menyebabkan bau mulut, rasa tidak nyaman pada tenggorokan, mudah terserang flu, sakit kepala, tinnitus, telinga tersumbat, dan sebagainya. Oleh karena itu, pasien dengan kista nasofaring harus pergi ke rumah sakit secara teratur tepat waktu dan di bawah bimbingan dokter untuk mendapatkan pengobatan simtomatik.
Kista nasofaring juga dikenal sebagai fistula median nasofaring dan sistitis lendir faring. Pasien akan mengeluarkan cairan bernanah dari bagian belakang rongga hidung, yang akan menyebabkan halitosis yang signifikan saat bernapas jika cairan tersebut mengalir ke tenggorokan.
Ketika rongga kistik mengalami atresia, mungkin terdapat nyeri yang menjalar di daerah oksipital, sebagian besar merupakan nyeri tumpul yang menetap, mirip dengan sakit kepala sinusitis pterigoid, sering kali disertai dengan kekakuan otot-otot di bagian belakang leher, pegal-pegal, dan nyeri, yang diperparah dengan menoleh. Mungkin juga terdapat tinnitus dan perasaan tersumbat di telinga. Beberapa pasien mungkin mengalami demam.
Pengangkatan atau penghancuran selaput lendir dinding bagian dalam kantung faring secara menyeluruh untuk mencegah kekambuhan adalah prinsip pengobatan, dan kauterisasi kimiawi serta eksisi bedah sering digunakan.