Waktu operasi untuk fistula ani kompleks tinggi bervariasi, tergantung pada kondisi pasien dan kompleksitas operasi. Jika fistula ani kompleks tinggi yang sederhana, operasi membutuhkan waktu sekitar 30 menit dan pembiusan membutuhkan waktu sekitar 20 menit. Namun, jika fistula kompleks, terutama jika fistula berbentuk tapal kuda yang tinggi atau ujung yang buta cukup dalam untuk mencapai fossa rektum pelvis dan panjangnya bisa lebih dari 10 cm, maka dinding rektum pada akhirnya harus dibuang dan dinding rektum diperbaiki, dan ini membutuhkan waktu sekitar satu jam.