Gejala tumor mesenkim lambung bergantung pada ukuran dan lokasi tumor dan biasanya tidak spesifik. Perdarahan gastrointestinal adalah gejala yang paling umum dari tumor mesenkim saluran cerna, sementara disfagia sering terjadi pada kerongkongan. Beberapa pasien datang dengan perforasi usus, yang dapat meningkatkan risiko implantasi abdomen dan kekambuhan lokal. CT, ultrasound endoskopi, dan pencitraan saluran cerna dapat membantu dalam menentukan ukuran tumor mesenkim saluran cerna, infiltrasi lokal, dan lokasi metastasis, dan lain-lain. Tumor mesenkim saluran cerna pada umumnya memiliki berbagai tingkat keganasan yang potensial, dan keganasannya terkait dengan ukuran tumor. Tingkat keganasan berkorelasi dengan ukuran tumor dan jumlah skizon nuklir. Tumor mesenkim berukuran lebih dari 5 cm harus berisiko sedang atau lebih tinggi, tidak sensitif terhadap kemoterapi dan radioterapi. Pasien dengan tumor mesenkim gastrointestinal terbatas yang telah menjalani perawatan bedah memiliki tingkat kelangsungan hidup 5 tahun secara keseluruhan sebesar 40% – 55% setelah reseksi lengkap, dengan tingkat kekambuhan yang sangat bervariasi pada tahun kelima setelah pembedahan, berkisar antara 2% – 15% untuk tumor sumber berisiko rendah hingga 70% – 90% untuk yang berisiko tinggi. Tidak ada penanda serum spesifik yang digunakan untuk mendeteksi kekambuhan tumor mesenkim saluran cerna. Lokasi khas kekambuhan tumor adalah tempat tidur yang dibedah, hati dan peritoneum. Metastasis paru jarang terjadi, sehingga praktik standarnya adalah melakukan pencitraan, termasuk CT abdomen dan panggul, setiap 3-6 bulan selama 5 tahun setelah pembedahan, dan penilaian tahunan setelahnya. Sekitar 11% – 47% pasien dengan tumor mesenkim saluran cerna telah bermetastasis pada saat presentasi awal mereka, dengan metastasis simtomatik dari tumor mesenkim lambung terutama di hati dan rongga perut. Metastasis ke kelenjar getah bening dan ekstra-abdomen relatif jarang terjadi, bahkan pada pasien yang sudah lanjut usia, dan metastasis dapat terjadi bahkan setelah 30 tahun setelah reseksi tumor primer. Tumor mesenkim saluran cerna pada usus halus memiliki tingkat keganasan dan metastasis limfatik yang paling tinggi, sedangkan tumor mesenkim esofagus dan saluran cerna lebih jarang mengalami keganasan. Tumor mesenkim saluran cerna yang jinak juga berpotensi untuk kambuh, namun prosesnya berjalan lambat dan pada beberapa kasus baru diketahui setelah 10 atau 20 tahun.