Bronkoskopi serat optik digunakan dengan baik untuk diagnosis dan pengobatan penyakit pernapasan. Komplikasi bronkoskopi fibreoptik relatif jarang terjadi, tetapi beberapa orang dapat mengalami komplikasi tertentu, termasuk komplikasi intraoperatif dan pascaoperasi. Komplikasi intraoperatif meliputi perdarahan, aritmia dan gagal napas, sedangkan komplikasi pascaoperasi meliputi infeksi, perdarahan dan ketidaknyamanan tenggorokan. Jika salah satu dari komplikasi ini terjadi, maka harus ditangani secara agresif, terutama komplikasi perdarahan, yang pada kasus yang parah memerlukan pembedahan darurat dan bahkan dapat mengancam nyawa serta memerlukan perhatian khusus, terutama jika pasien memiliki kecenderungan untuk mengalami perdarahan.