Natto lebih tepat dikonsumsi sekitar 30 hingga 50 gram sehari, dan dapat dikonsumsi bersama makanan. Natto memiliki nilai gizi yang tinggi, mengandung 19,26% protein, serta nattokinase, lemak, asam amino, serat yang dapat dimakan, saponin, isoflavon, kalsium, zat besi, kalium, dan mineral lainnya. Umumnya dianjurkan untuk makan 30 sampai 50g sehari untuk memenuhi kebutuhan tubuh, agar tidak makan lebih banyak akan meningkatkan beban metabolisme ginjal. Dan lebih disarankan untuk makan natto pada waktu makan, dapat meningkatkan rasa kenyang, tetapi juga untuk meningkatkan pencernaan dan pemanfaatan pencernaan protein. Perlu dicatat bahwa tukak lambung, gastritis akut, pasien gastritis superfisial kronis tidak boleh makan lebih banyak natto, pada saat yang sama nefritis, gagal ginjal, pasien dialisis ginjal tidak boleh makan natto, menderita asam urat atau asam urat dalam tubuh terlalu tinggi tidak boleh makan natto dalam jumlah besar, luka saluran cerna belum sembuh setelah operasi tidak boleh makan natto. Jika konsumsi natto muncul setelah gejala ketidaknyamanan, disarankan untuk melakukan perawatan medis tepat waktu, alergi terhadap makanan kedelai sebaiknya tidak makan natto.