Karena pil kontrasepsi darurat adalah progestin yang sangat efektif, maka akan menyebabkan penebalan abnormal pada lapisan rahim di klinik, sehingga mencegah sel telur yang telah dibuahi berimplantasi untuk mencapai tujuan kontrasepsi. Selain itu, pil kontrasepsi darurat juga dapat menghambat ovulasi ovarium untuk mencapai tujuan kontrasepsi. Oleh karena itu, apakah itu 1 bulan setelah aborsi, atau pada periode waktu lain mengonsumsi pil kontrasepsi darurat, dalam situasi klinis dapat menyebabkan gangguan menstruasi. Hal ini terutama disebabkan oleh penekanan ovulasi, yang mengganggu sekresi siklus estrogen dan progesteron oleh ovarium, dan pola alami akan terganggu, yang menyebabkan gangguan menstruasi. Karena progesteron menyebabkan penebalan abnormal pada lapisan rahim, maka progesteron juga dapat menyebabkan perdarahan yang tidak normal.