Ketika batu berukuran kecil dan dapat dikeluarkan secara langsung, gejala yang dirasakan pasien tidak terlalu jelas, tetapi ketika batu berukuran besar, akan ada gejala yang jelas. Akan ada perasaan tidak nyaman sebelum batu ginjal dikeluarkan secara alami, seperti rasa sakit, perasaan menahan kencing dan sebagainya.
Setelah batu ginjal terbentuk, tidak akan ada gejala yang sangat jelas, dan tidak akan ada gejala khusus ketika batu akan dikeluarkan di kelopak bawah atau tengah, tetapi ketika batu terus bergerak ke bawah dan melewati tiga penyempitan ureter, akan ada sensasi yang jelas.
Biasanya hanya ada sedikit rasa tidak nyaman di awal, kemudian secara bertahap akan timbul rasa sakit yang hebat, rasa seperti menahan kencing, dan bahkan disertai oliguria, anuria, dan hematuria. Nyeri terjadi pada setiap penyempitan yang dicapai batu, dan setelah batu melewati penyempitan dan saluran kencing terbuka, rasa nyeri pasien akan berkurang, tetapi kemudian rasa nyeri timbul lagi saat mencapai penyempitan berikutnya. Kedua keadaan tersebut bergantian. Ketika batu mencapai kandung kemih, mungkin akan timbul rasa diare akibat iritasi pada vesiko-rektum.