Manifestasi klinis fibrosis kistik pada dasarnya adalah sebagai berikut. Pada sistem pernapasan, manifestasi utamanya adalah infeksi bronkial berulang dan obstruksi jalan napas. Gejala dapat muncul dalam beberapa hari setelah kelahiran bayi yang baru lahir. Pada tahap awal mungkin terdapat batuk ringan dengan pneumonia dan atelektasis, setelah itu dapat terjadi peningkatan batuk, kesulitan mengeluarkan dahak dan sesak napas. Pada beberapa kasus, batuk mungkin bernanah dan dapat disertai dengan hemoptisis. Defisiensi pencernaan dan nutrisi dapat terjadi ketika sistem pencernaan terpengaruh. Pencernaan protein dapat terpengaruh pada bayi baru lahir karena peningkatan produksi lendir usus dan kekentalannya, serta enzim pankreas yang rusak, dan obstruksi usus serta prolaps rektum dapat terjadi pada anak-anak. Sekresi pankreas yang tidak memadai mengakibatkan gejala gangguan pencernaan seperti perut kembung, perut bergemuruh dan keluarnya feses berbusa dan berbau busuk dalam jumlah besar, dan bahkan steatorrhea dan tumpahan nitrogen dapat terjadi. Pada pria, fibrosis memengaruhi sistem reproduksi dengan menyumbat saluran yang menghubungkan testis ke prostat, yang juga dikenal sebagai vas deferens, sehingga banyak pasien yang menderita infertilitas.