Penyakit persendian, otot, tulang, tulang rawan dan tendon dikenal sebagai gangguan jaringan ikat, karena banyaknya jumlah jaringan ikat yang terkandung dalam struktur ini. Namun demikian, banyak penyakit jaringan ikat yang sebenarnya adalah penyakit autoimun karena melibatkan respons kekebalan tubuh, di mana jaringan ikat memicu sistem kekebalan tubuh untuk melawan jaringannya sendiri dan menghasilkan antibodi abnormal untuk menempel pada jaringan ini (autoantibodi). Respons kekebalan tubuh ditandai oleh peradangan, yang dalam keadaan normal merupakan proses perbaikan jaringan dan yang akan hilang dengan sendirinya setelah perbaikan selesai. Namun demikian, peradangan pada penyakit autoimun adalah peradangan kronis yang sering menyebabkan kerusakan pada jaringan normal, seperti pada artritis reumatoid, di mana peradangan kronis menyebabkan kerusakan tulang rawan artikular. Mungkin karena peradangan dipicu oleh antibodi yang beredar dalam darah, maka pada artritis reumatoid dan banyak penyakit autoimun lainnya, peradangan dapat menyebar ke beberapa sendi. Jaringan ikat di dalam dan di sekitar persendian dan di tempat lain di dalam tubuh dapat meradang. Otot, perikardium di sekitar jantung, lapisan luar paru-paru (pleura), dan bahkan meninges pada permukaan otak dapat terpengaruh oleh peradangan. Jenis dan keparahan gejala tergantung pada organ yang terlibat.