Efek samping penggunaan metronidazol biasanya menghilang dalam 3 hingga 5 hari. Efek samping seperti sakit kepala, mual, dan rasa tidak normal dapat terjadi setelah mengonsumsi metronidazol, tetapi pemulihan dapat berlangsung lebih lama pada pasien dengan neuropati perifer yang persisten akibat penggunaan metronidazol dalam jangka panjang. Mengkonsumsi metronidazol dapat menyebabkan pasien mengalami berbagai efek samping seperti mual, muntah, kehilangan nafsu makan, sakit perut, diare, rasa logam di mulut, sakit kepala, pusing, leukopenia, sistitis, kesulitan buang air kecil, dan sebagainya, dan sebagian besar efek samping ini dapat hilang dengan sendirinya dalam waktu 3 sampai 5 hari setelah menghentikan obat. Namun, beberapa pasien yang mengonsumsi metronidazol dalam jangka waktu yang lama dapat mengalami efek samping seperti mati rasa pada anggota tubuh dan sensasi abnormal, yang disebabkan oleh neuropati perifer yang terus-menerus setelah mengonsumsi obat dalam jangka waktu yang lama. Dalam hal ini, perlu segera berhenti mengonsumsi obat dan mengonsumsi obat-obatan seperti vitamin B6 dan methylcobalamin, serta dapat juga diobati melalui pelatihan rehabilitasi dan metode lainnya. Jika efek samping terjadi setelah mengonsumsi metronidazol, dokter harus dikonsultasikan dan dibuang.