Penyebab berikut ini dapat menyebabkan sel skuamosa atipikal dalam praktik klinis: pertama, setelah pemasangan IUD, rangsangan IUD dapat menyebabkan munculnya sel skuamosa atipikal pada serviks, namun hal ini tidak signifikan secara klinis. Ketika IUD dilepas, sel skuamosa atipikal akan menghilang dan kembali ke kondisi normal. Kedua, adanya peradangan kronis lokal pada serviks juga dapat menyebabkan munculnya sel skuamosa atipikal secara klinis. Setelah pengobatan aktif peradangan serviks, sel skuamosa atipikal juga akan menghilang setelah dilakukan pemeriksaan ulang secara klinis. Ketiga, adanya sel skuamosa atipikal di klinik dapat mengindikasikan adanya lesi pada epitel serviks. Disarankan agar pemeriksaan klinis secara rutin, seperti tes TCT setiap enam bulan sekali, dilakukan untuk mengetahui apakah sel skuamosa atipikal tersebut masih ada atau ada lesi lain di klinik sebelum pengobatan diberikan.