Uretritis non-gonokokal dapat diobati dengan amoksisilin, tetapi tidak efektif. Uretritis non-gonokokal mengacu pada peradangan uretra yang disebabkan oleh infeksi flora lain selain gonokokus, seperti Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hyopneumoniae, bakteri, jamur, dll. Gejalanya mirip dengan gejala gonore, dan ada juga gejala seperti peningkatan sekresi uretra, buang air kecil yang menyakitkan, dan rasa tidak nyaman di uretra. Amoksisilin termasuk dalam kelompok penisilin, dan tidak menargetkan kelompok bakteri semacam ini, dan tidak memiliki banyak efek pada kelompok bakteri semacam ini. Secara klinis untuk uretritis non-gonore, biasanya untuk meningkatkan tes sensitivitas kultur urin, standar untuk flora menggunakan obat-obatan, obat yang umum digunakan adalah tetrasiklin, makrolida, fluoroquinolones. Pengobatan non-gonore harus dilakukan di rumah sakit biasa, untuk menggunakan obat untuk patogen, di bawah bimbingan dokter, untuk menghindari penyalahgunaan obat antibiotik yang dapat dengan mudah menyebabkan resistensi obat dan menunda kondisi.