Moksibusi dalam waktu yang lama dapat menimbulkan efek samping seperti infeksi dan kerusakan pada kulit. 1. Infeksi: moksibusi yang terlalu lama akan membuat panas api moxa terlalu banyak, yang pada gilirannya akan menyebabkan lecet pada kulit, dan jika pasien tidak merawatnya dengan benar, dapat menyebabkan masalah infeksi lokal. 2. Kerusakan pada kulit: Baik moksibusi tongkat moxa tradisional maupun peralatan moksibusi modern dapat membakar kulit jika pasien menggunakannya dalam waktu yang lama. Oleh karena itu, pasien harus menjaga bahan moksa seperti tongkat moksa pada jarak yang sesuai dari kulit selama moksibusi, tidak terlalu dekat dengan kulit, dan hal yang sama juga berlaku untuk perangkat moksibusi. Selama proses moksibusi, abu tongkat moksa dan bahan moksa lainnya juga harus dihindari agar tidak jatuh ke tubuh. Moksibusi perlu dioperasikan di bawah bimbingan dokter profesional, dan tidak boleh digunakan secara membabi buta, dan waktu moksibusi tidak boleh terlalu lama, agar tidak menimbulkan konsekuensi yang merugikan.