Penularan penyakit melalui gastroskopi tidak ada. Gastroskopi menjalani proses pembersihan yang ketat setelah setiap prosedur, yang melibatkan beberapa kali pencucian. Pencucian awal, pencucian enzimatik, pencucian akhir, dan di antara setiap pencucian, dilakukan proses desinfeksi, sehingga bakteri, virus, jamur, dll. tidak dapat bertahan hidup. Sebelum melakukan gastroskopi, setiap pasien perlu dites untuk penyakit infeksi dasar, umumnya empat infeksi, seperti HIV, sifilis, hepatitis B dan C, dan lain-lain. Bakteri, jamur atau virus tidak mungkin bertahan lama setelah keluar dari tubuh atau cairan tubuh dan terpapar udara. Lambung itu sendiri adalah lingkungan yang sangat asam dan sangat sedikit virus dan jamur yang dapat bertahan hidup, dan kuman yang cocok untuk bertahan hidup di dalam lambung tidak akan bertahan hidup ketika terpapar oksigen. Oleh karena itu, gastroskopi aman dilakukan dan tidak ada penyakit yang dapat ditularkan melalui pemeriksaan ini.