Perbedaan utama antara urologi dan nefrologi adalah dua aspek yaitu ruang lingkup pengobatan dan metode pengobatan. 1. Lingkup pengobatan: nefrologi umumnya mengobati nefritis, insufisiensi ginjal, gagal ginjal dan penyakit lainnya, sedangkan urologi terutama mengobati batu ginjal, hidronefrosis dan penyakit prostat. 2. Pengobatan: Nefrologi terutama mengobati dengan menggunakan obat-obatan dan terapi hormon, sedangkan urologi terutama mengobati dengan pembedahan dan intervensi bedah. Meskipun ada perbedaan di antara keduanya, penyakit seperti infeksi saluran kemih dapat diobati dengan pengobatan penyakit dalam dan pembedahan, dan ada juga beberapa tumpang tindih di antara keduanya. Pasien harus memilih departemen yang tepat untuk perawatan mereka sesuai dengan panduan dokter.