Dalam praktik klinis, ada empat kriteria umum untuk kebersihan usus. Tingkat A adalah ketika pasien tidak memiliki tinja dan hanya ada sedikit cairan di dalam usus. Tingkat B adalah ketika terdapat sejumlah kecil tinja atau sedikit cairan dalam usus, tetapi tidak mengganggu pemeriksaan kolonoskopi. Tingkat C berarti terdapat sejumlah kecil feses dalam tubuh pasien, yang dapat disedot tanpa menunda kolonoskopi dan tidak memengaruhi hasilnya. Tingkat D berarti usus pasien tidak bersih dan terdapat sejumlah besar tinja, yang mempengaruhi hasil pemeriksaan dan tidak dapat diamati dengan baik melalui aspirasi. Jika pasien akan menjalani kolonoskopi, ia harus mengeluarkan feses dan lendir sebanyak mungkin dari usus sehingga usus dapat diamati.