Melakukan kolonoskopi pada umumnya tidak berbahaya bagi tubuh, tetapi selama operasi dapat terjadi kerusakan mukosa usus, pendarahan, peradangan dan infeksi, serta perforasi usus, dll. Kolonoskopi tanpa rasa sakit juga dapat menyebabkan alergi terhadap obat anestesi, risiko kardiovaskular, kerusakan fungsi hati dan ginjal, dan lain-lain.
Saat melakukan kolonoskopi, Anda harus bekerja sama secara aktif dengan dokter untuk mengurangi kerusakan yang disebabkan oleh kolonoskopi. Jika terjadi penyakit usus, Anda harus aktif bekerja sama dengan dokter untuk melakukan pengobatan, agar tidak melewatkan kondisi tersebut.