Vaksin HPV tidak memengaruhi efektivitas vaksin saat menstruasi. Vaksin HPV dapat diberikan saat menstruasi, tetapi akan lebih baik jika Anda dapat menghindarinya. Alasan utamanya adalah karena sebagian orang mengalami ketidaknyamanan selama menstruasi, seperti rasa tidak nyaman pada perut bagian bawah atau reaksi pencernaan seperti mual, muntah, diare, dll. Sebagian orang mungkin juga mengalami demam atau reaksi lainnya. Jika Anda mendapatkan vaksin HPV selama periode ini, Anda mungkin juga akan mengalami reaksi yang tidak diinginkan seperti demam, ketidaknyamanan saluran cerna, mual, muntah, dll. Jika Anda mendapatkan vaksin HPV saat menstruasi dan mengalami ketidaknyamanan ini, tidak dapat dipastikan apakah hal tersebut disebabkan oleh vaksin HPV atau karena menstruasi itu sendiri, jadi sebaiknya Anda menghindari menstruasi. Tentu saja, orang yang tidak pernah mengalami ketidaknyamanan selama menstruasi juga dapat melakukan vaksin HPV selama menstruasi.