Dampak ensefalitis pada anak dan trauma yang ditimbulkannya pada seluruh keluarga sangat besar, dan sebagian besar disertai dengan perubahan komposisi cairan serebrospinal, yang onsetnya bervariasi. Kemungkinan terjadinya gejala sisa sangat tinggi bagi anak-anak yang terlambat mencari pertolongan medis, sering mengalami kejang-kejang atau koma untuk waktu yang lama, dan mengalami kerusakan otak yang signifikan, sering kali dengan gejala sisa neurologis atau psikiatris. Untuk anak-anak dengan ensefalitis virus khusus, seperti ensefalitis equine timur, kemungkinan gejala sisa juga sangat tinggi dan prognosisnya buruk, dengan gejala sisa yang lebih umum adalah keterbelakangan mental, kelumpuhan, atau kejang-kejang. Semakin muda anak, semakin besar kemungkinan terjadinya gejala sisa. Pada anak-anak dengan herpes simpleks ensefalitis, gejala sisa bukan hanya gejala sisa, tetapi tingkat kematian 30%. Pada anak-anak yang masih hidup dengan herpes ensefalitis, gejala sisa terutama adalah kelumpuhan dan gerakan terbatas. Penting untuk mendeteksi dan mengobati penyakit ini sedini mungkin untuk meminimalkan gejala sisa ensefalitis. Penting untuk mendeteksi dan mengobati ensefalitis sedini mungkin untuk meminimalkan timbulnya gejala sisa, karena akan terlambat untuk menyesal. Setiap anak memiliki gejala yang berbeda, jadi penting untuk mencari pertolongan medis dini ketika kelainan terdeteksi.