Lamanya rawat inap di rumah sakit untuk ensefalitis terkait dengan penyebab, tingkat keparahan penyakit, kondisi fisik pasien, dan adanya komplikasi. Umumnya ensefalitis virus memerlukan 14-21 hari rawat inap. Penyebab umum ensefalitis termasuk infeksi virus, bakteri, Mycobacterium tuberculosis, jamur dan infeksi patogen lainnya. Penyebab lainnya adalah penyakit alergi seperti ensefalitis autoimun dan ensefalomielitis diseminata akut. Rawat inap untuk ensefalitis biasanya disebut sebagai ensefalitis virus, dan pengobatannya terutama antivirus dan simtomatik, termasuk istirahat di tempat tidur, menjaga jalan napas tetap terbuka, pemberian oksigen dan dahak jika perlu, menjaga kehangatan, memasok air dalam jumlah tertentu, nutrisi dan elektrolit, mengurangi edema serebral, anti epilepsi dan mencegah komplikasi, dll. Biasanya membutuhkan waktu 14-21 hari. Jika ensefalitis lebih parah dan memiliki lebih banyak komplikasi, waktu pengobatan akan relatif lebih lama. Pasien dengan ensefalitis yang muncul dengan koma dan kegagalan pernafasan menunjukkan prognosis yang buruk. Sebagian pasien mungkin mengalami gejala sisa seperti kelumpuhan otot, epilepsi, kelumpuhan anggota tubuh dan keterbelakangan mental.