Lamanya rawat inap di rumah sakit untuk ensefalitis bervariasi, tergantung pada penyebab, tingkat keparahan penyakit, kondisi fisik pasien, dan adanya komplikasi, dan umumnya ensefalitis virus memerlukan 14-21 hari rawat inap. Penyebab umum ensefalitis termasuk infeksi virus, bakteri, Mycobacterium tuberculosis, jamur dan infeksi patogen lainnya. Penyebab lainnya adalah penyakit alergi seperti ensefalitis autoimun dan ensefalomielitis diseminata akut. Pengobatan utama adalah terapi antivirus dan pengobatan simtomatik, termasuk istirahat di tempat tidur, menjaga jalan napas tetap terbuka, menghirup oksigen dan dahak jika perlu, memasok sejumlah air, nutrisi, dan elektrolit, mengurangi oedema serebral, antiepilepsi, dan mencegah komplikasi. Jika tingkat ensefalitis virus lebih parah dan terdapat lebih banyak komplikasi, durasi pengobatan akan diperpanjang. Jika pasien menunjukkan tanda-tanda koma dan gagal napas, ini menunjukkan prognosis yang buruk.