Ada banyak penyebab ensefalitis dan masa inkubasi bervariasi dari satu penyebab ke penyebab lainnya. Masa inkubasi untuk ensefalitis herpesvirus I umum biasanya 2-21 hari, dengan rata-rata 6 hari. Masa inkubasi untuk ensefalitis virus herpes I umum biasanya 2-21 hari, dengan rata-rata 6 hari. Gejala prodromal termasuk infeksi saluran pernapasan bagian atas seperti gejala khat, sakit kepala, demam dan batuk. Timbulnya penyakit ini akut dan durasinya bervariasi dari beberapa hari hingga 1-2 bulan. 25% pasien memiliki riwayat herpes mulut dan bibir. Manifestasi klinis sebagian besar adalah kelainan mental dan perilaku serta disfungsi kognitif, seperti perubahan kepribadian, kemalasan dan tidak responsif. Kejang dapat terjadi pada sekitar sepertiga pasien dan, seiring dengan memburuknya penyakit, rasa kantuk, kelesuan, koma atau tonisitas dekortikal juga dapat terjadi. Selain virus herpes I, ada virus lain yang dapat menyebabkan ensefalitis, seperti EBV dan virus herpes zoster, serta beberapa bakteri, jamur, dan Mycobacterium tuberculosis, yang memiliki masa inkubasi dan perjalanan penyakit yang berbeda.