Ada beberapa risiko potensial yang terkait dengan CT jantung, terutama karena penggunaan zat kontras yang ditingkatkan, yang dapat menyebabkan alergi dan kerusakan ginjal, tetapi hal ini saat ini kecil kemungkinannya. Beberapa orang mungkin hanya mengalami gatal-gatal atau ruam ringan, tetapi beberapa rumah sakit mungkin memerlukan tes kulit untuk zat kontras yodium saat melakukan pemeriksaan CT. Penting untuk tidak terlalu gugup selama CT jantung, karena hal ini dapat menyebabkan peningkatan denyut jantung, yang mungkin tidak menangkap hasil gambar yang diinginkan dan mempengaruhi interpretasi pasien terhadap hasilnya.