Ketika obat yang ditargetkan generasi kedua memiliki efek samping, jika gejalanya ringan, Anda dapat terus mengonsumsi obat dan memberikan pengobatan simtomatik untuk efek samping. Jika efek sampingnya parah, dianjurkan untuk berhenti minum obat dan memberikan pengobatan simtomatik. Efek samping yang umum terjadi pada obat yang ditargetkan generasi kedua termasuk mual, muntah, alergi, kembung, atau lesi kulit. Untuk ketidaknyamanan pencernaan ringan, fungsi pencernaan dapat ditingkatkan dengan mengonsumsi montelukast atau amoksisilin. Dalam kasus alergi obat, dapat diobati dengan mengurangi dosis obat atau mengonsumsi obat anti-alergi seperti diphenhydramine dan parasetamol. Lesi atau ruam kulit dapat diobati dengan mengoleskan salep eritromisin topikal. Jika efek samping menyebabkan komplikasi serius seperti angina pektoris, sesak napas, atau kerusakan sistem kekebalan tubuh, disarankan untuk menghentikan obat dan berkonsultasi dengan dokter untuk menyesuaikan pengobatan dengan mengganti obat yang ditargetkan. Karena komplikasi serius tidak kondusif untuk pengobatan penyakit primer dan dapat merusak kesehatan, maka tidak disarankan untuk terus menggunakan obat tanpa izin. Ketika memilih obat target generasi kedua untuk radioterapi, perlu untuk mengamati respons obat dan memantau hasil pengobatan secara teratur.