Waktu pemulihan setelah keluar dari rumah sakit bervariasi, tergantung pada tingkat keparahan emboli paru dan efektivitas pengobatan. Biasanya, pasien dengan emboli paru yang terdeteksi dini, memiliki gejala ringan, dan segera diobati akan berangsur-angsur kembali normal dalam waktu sekitar 3 bulan setelah keluar dari rumah sakit; sedangkan pasien dengan kondisi yang lebih serius dan hasil pengobatan yang buruk mungkin memerlukan antikoagulan selama satu tahun atau bahkan seumur hidup. Emboli paru terutama merupakan sindrom klinis yang disebabkan oleh berbagai emboli yang menyumbat arteri pulmonalis atau cabang-cabang arteri pulmonalis. Ada tingkat kekambuhan tertentu setelah pengobatan emboli paru, dan oleh karena itu terapi antikoagulan perlu dilanjutkan setelah keluar dari rumah sakit. Terapi antikoagulan dapat, sampai batas tertentu, mengurangi ketidaknyamanan yang disebabkan oleh emboli paru dan memungkinkan pasien dengan emboli paru secara bertahap kembali normal. Jika seseorang menderita emboli paru ringan dan segera diobati, biasanya dapat pulih secara bertahap dengan mengonsumsi obat antikoagulan selama sekitar tiga bulan setelah keluar dari rumah sakit. Jika seseorang menderita emboli paru berat dan pengobatannya tidak efektif, durasi terapi antikoagulan mungkin perlu diperpanjang hingga sekitar satu tahun; dan jika faktor risiko tinggi yang memicu terjadinya emboli paru masih ada, orang tersebut mungkin perlu diobati dengan obat antikoagulan seumur hidup. Setelah keluar dari rumah sakit dengan emboli paru, pasien harus minum obat sesuai dengan petunjuk dokter, melakukan kontrol secara teratur, dan pergi ke rumah sakit untuk pemeriksaan segera setelah gejala tidak nyaman muncul, sehingga penyebab penyakit dapat diklarifikasi dan pengobatan dapat dilakukan sesegera mungkin.