Hipotiroidisme kongenital biasanya tidak mengancam jiwa. Fungsi tiroid memainkan peran penting dalam fungsi tubuh dan jika tidak terus berfungsi, anak mungkin memiliki masalah dengan perkembangan mental atau fisik dan perlu dideteksi serta diobati dengan segera. Deteksi dini dan pengobatan tidak berbeda dengan anak-anak normal, tetapi penyakit ini tidak sepenuhnya sembuh setelah masa pengobatan. Pengobatan dimulai segera setelah anak didiagnosis, biasanya pada bulan pertama kehidupan, dan beberapa hipotiroidisme diobati secara permanen, dengan sebagian besar dihentikan pada usia 2-3 tahun. Semakin dini neonatus diobati, semakin baik prognosisnya, tidak akan memengaruhi pertumbuhan dan perkembangan mental anak, dan gejala neurologis dapat dipulihkan dengan pengobatan yang tepat waktu dan ilmiah. Secara medis, penyakit yang terdeteksi dalam waktu 2 bulan dan kemudian diobati secara dini, bersama dengan pengobatan seumur hidup, pada dasarnya normal secara intelektual. Jika terdeteksi dan diobati pada bayi yang berusia lebih dari 10 bulan, kecerdasan hanya dapat mencapai sekitar 80% dari normal, dan jika terdeteksi di atas 2 tahun, keterbelakangan intelektual ini tidak dapat dipulihkan jika mempengaruhi kecerdasan.