Kebutuhan akan kolonoskopi tergantung pada lokasi nyeri perut. Jika rasa nyeri berada di perut bagian atas, kolonoskopi biasanya tidak dipertimbangkan. Jika nyeri berada di sekitar pusar atau di perut bagian bawah dan disertai dengan perubahan frekuensi buang air besar atau perubahan sifat tinja, dan jika nyeri diikuti dengan keinginan untuk buang air besar, kolonoskopi lengkap sering direkomendasikan, dan ini mungkin disebabkan oleh disfungsi usus. Jika tinja terlihat jelas bersifat mukopurulen atau lendir tanpa darah, kolonoskopi harus dilakukan. Ini mungkin akibat kolitis ulseratif atau penyakit Crohn. Jika nyeri di perut bagian bawah, kolonoskopi harus dilakukan; jika nyeri di perut bagian atas, gastroskopi harus dilakukan untuk membantu mendiagnosis gastritis, tukak lambung atau dispepsia. Untuk nyeri perut bagian bawah, USG mungkin juga diperlukan untuk membantu diagnosis.