Penyakit Crohn memiliki kecenderungan genetik, dan tingkat pewarisan yang tepat belum diketahui. Penyakit Crohn adalah disfungsi kekebalan tubuh yang menyebabkan lesi multisegmental di seluruh saluran cerna dan merupakan jenis penyakit radang usus. Tingkat kejadian kerabat tingkat pertama pasien dengan penyakit Crohn secara signifikan lebih tinggi daripada populasi umum, tingkat kejadian pasangan pasien tidak meningkat, dan tingkat kejadian kembar monozigot secara signifikan lebih tinggi daripada kembar dizigot, sehingga jelas dari karakteristik ini bahwa ada kecenderungan turun-temurun terhadap penyakit Crohn. Melalui penelitian aspek genetik dalam beberapa tahun terakhir, beberapa mutasi gen terkait dengan timbulnya penyakit Crohn, yang juga menegaskan bahwa penyakit Crohn akan memiliki kemungkinan keturunan. Namun, penyakit Crohn memiliki kecenderungan genetik yang jelas pada orang Kaukasia, tetapi tidak pada ras kulit kuning, yang berarti bahwa kemungkinan pewarisan pada ras kulit kuning relatif kecil dibandingkan dengan ras kulit putih. Tingkat pewarisan spesifik belum dapat disimpulkan. Selain predisposisi genetik, penyakit Crohn dikaitkan dengan faktor lingkungan seperti konsumsi alkohol, merokok, kebersihan, dan faktor infeksi seperti infeksi usus kronis dan gangguan kekebalan tubuh.