Ada beberapa penyebab migrain menstruasi: Pertama, disebabkan oleh disfungsi sistem endokrin, selama periode menstruasi, kadar hormon dalam tubuh wanita akan mengalami perubahan yang besar. Jumlah estrogen, hormon seks, progesteron dan hormon luteinizing, dll., Beberapa hormon ini akan mengalami kenaikan besar sementara yang lain akan mengalami penurunan besar. Penurunan yang besar dapat menyebabkan disfungsi sementara fungsi sensorik korteks serebral, atau karena zat metabolisme hormon dalam tubuh, juga dapat merangsang sistem saraf pusat, yang mengarah ke migrain pada wanita. Kedua, mungkin disebabkan oleh emosi. Beberapa wanita mungkin memiliki lebih banyak emosi negatif selama menstruasi karena fluktuasi emosi, seperti gugup, cemas, atau acuh tak acuh, yang secara tidak langsung dapat memengaruhi fungsi korteks serebral melalui regulasi neurohumoral, yang mengakibatkan sakit kepala migrain.