Pengujian flora usus dapat dilakukan dengan tes kultur tinja. Hal ini biasanya dilakukan dengan membiakkan tinja segar dalam media kultur bakteri khusus, yang digunakan untuk mengetahui jenis bakteri dan jumlah bakteri yang tepat dalam setiap jenis. Dalam keadaan normal, jumlah bakteri dalam usus manusia relatif konstan, demikian pula rasio antara berbagai jenis bakteri. Bakteri dalam setiap rasio berinteraksi satu sama lain untuk mempertahankan flora normal usus manusia dan untuk memastikan fungsi normal usus. Jika terjadi ketidakseimbangan dalam rasio spesies atau jumlah bakteri, pertumbuhan bakteri patogen tertentu yang berlebihan dapat mempengaruhi fungsi normal usus dan menyebabkan diare dan gejala-gejala lainnya.