Melatonin tidak memiliki efek samping mutlak, tetapi ketika melatonin mencapai dosis tertentu, sejumlah kecil orang dapat mengalami efek samping seperti penghambatan perkembangan gonad, penurunan suhu tubuh, dan kemandulan.
Melatonin berasal dari kelenjar pineal di dalam otak manusia dan memiliki fungsi fisiologis seperti mengatur jet lag, anti-penuaan, mengatur kekebalan tubuh, dan meningkatkan kualitas tidur. Dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, sekarang dimungkinkan untuk mendapatkan melatonin sintetis, ketika konsumsi melatonin secara normal, umumnya tidak muncul efek samping yang jelas, tetapi perlu berbeda dari orang ke orang.
Namun, menurut lembaga penelitian yang relevan, beberapa orang dapat menghambat perkembangan gonad setelah mengonsumsi melatonin, yang menyebabkan efek samping seperti penurunan libido, penurunan kesehatan sperma, dan penghambatan ovulasi wanita pada pria dan wanita. Melatonin juga dapat menyebabkan penurunan suhu tubuh basal dan infertilitas, tetapi kemungkinan terjadinya hal ini kecil.
Dalam kehidupan sehari-hari, orang sehat tidak membutuhkan suplementasi melatonin yang berlebihan, dan melatonin tidak memiliki peran untuk mengobati penyakit, hanya sebagai produk perawatan kesehatan untuk digunakan, dan tidak dapat menggantikan obat-obatan.