Peran heparin pada wanita hamil terutama ada dua: 1. Pencegahan trombosis, kemungkinan trombosis vena telah meningkat dalam beberapa tahun terakhir, dan kemungkinan trombosis vena selama kehamilan meningkat secara signifikan pada wanita hamil dengan D-dimer yang tinggi. Gejala trombosis vena selama kehamilan adalah kelumpuhan tungkai bawah dan emboli paru akibat emboli vena di tungkai bawah. Beberapa wanita hamil dengan transfer embrio juga perlu diberikan heparin untuk melindungi janin, sehingga obat ini lebih sering digunakan dalam kebidanan, tetapi harus digunakan dengan hati-hati.