Umumnya, gastroenteroskopi tidak berbahaya dan merupakan alat bantu dalam mendiagnosis penyakit.
Gastroenteroskopi juga dikenal sebagai endoskopi elektronik. Tindakan ini biasanya dilakukan oleh dokter yang ahli. Endoskop digunakan untuk memeriksa pasien untuk mengetahui adanya penyakit yang berhubungan dengan lambung, duodenum, rektum dan usus besar, seperti tukak lambung, tukak duodenum dan polip usus besar. Secara umum, tindakan ini tidak berbahaya bagi tubuh.
Jika gastroskopi atau kolonoskopi biasa dilakukan, pasien mungkin mengalami sedikit ketidaknyamanan selama pemeriksaan, misalnya, mual, muntah, dan ketidaknyamanan lainnya dapat terjadi selama gastroskopi. Sebagai contoh, mual dan muntah dapat terjadi selama gastroskopi, dan nyeri perut ringan serta kembung dapat terjadi selama kolonoskopi. Namun, hal ini umumnya dapat ditoleransi oleh pasien, atau pasien dapat memilih untuk menjalani gastroenteroskopi tanpa rasa sakit.
Beberapa pasien, terutama mereka yang memiliki penyakit yang mendasari seperti tukak lambung, riwayat operasi perut, perlengketan usus, dll., menjalani operasi endoskopi seperti ESD, polipektomi, dll., dan beberapa pasien memiliki kemungkinan perdarahan dan perforasi serta komplikasi lainnya.
Operasi gastroenteroskopi harus dilakukan oleh dokter profesional, dan ketidaknyamanan harus secara aktif didiagnosis dan diobati.