Flukonazol umumnya dapat dikonsumsi dengan penekan asam seperti omeprazol, pelindung mukosa saluran cerna, dan obat lambung lainnya, tetapi ada kontraindikasi yang jelas untuk mengonsumsinya dengan cisapride. Flukonazol adalah agen antijamur spektrum luas untuk pengobatan infeksi jamur, dan penggunaan utamanya adalah untuk pengobatan infeksi Candida, Cryptococcus, dan Coccidioidomycosis. Flukonazol dikontraindikasikan dengan cisapride, yang dapat menyebabkan efek samping yang sama, karena potensinya yang jelas menyebabkan perpanjangan interval QT. Selain itu, penggunaan bersamaan dengan obat-obatan seperti azitromisin, siklofosfamid, NSAID seperti naproxen dan diklofenak dapat menyebabkan risiko peningkatan konsentrasi plasma CYP2C9 dan lainnya. Flukonazol memiliki tingkat hepatotoksisitas tertentu dan dapat menyebabkan peningkatan transaminase serum sementara, terutama pada pasien dengan penyakit yang mendasari sehingga perlu digunakan dengan hati-hati. Kelainan fungsi ginjal dapat terjadi pada pasien tertentu, seperti pada pasien dengan penyakit yang mendasari yang parah. Obat ini harus digunakan di bawah pengawasan medis dan tidak boleh digunakan tanpa izin.