Inversi kromosom antar lengan dapat memengaruhi janin dengan kelainan struktur kromosom atau perkembangan. Bila pemeriksaan prenatal non-invasif atau diagnosis prenatal selama kehamilan menunjukkan adanya inversi kromosom (misalnya kromosom 7 atau 9, kromosom Y, dll.), maka hal ini dapat menyebabkan kombinasi anomali kromosom atau kelainan struktur bawaan pada janin, seperti penyakit jantung bawaan. Efek jangka panjang termasuk infertilitas atau keguguran berulang selama masa reproduksi pada janin perempuan dan infertilitas pada janin laki-laki. Bagi mereka yang berisiko tinggi mengalami kelainan struktur kromosom yang terdeteksi melalui skrining atau pasangan yang melahirkan bayi dengan cacat bawaan yang parah, konseling pranatal dan diagnosis pranatal yang tepat waktu harus dilakukan setelah kehamilan untuk menyingkirkan risiko kelainan kromosom pada janin. Untuk pasangan dengan riwayat kehamilan dan kelahiran yang buruk secara berulang, fertilisasi in vitro-embrio transfer (IVF-ET) generasi ketiga dapat dilakukan di bawah pengawasan medis untuk hamil jika diperlukan.