Penyebab batu pieloureter beragam, umumnya termasuk kelainan metabolisme, faktor lokal, faktor obat, dan sebagainya. 1. Metabolisme yang tidak normal, terutama mengacu pada peningkatan beberapa zat pembentuk batu saluran kemih, seperti kalsium, asam oksalat, asam urat atau sistin dalam air kemih; juga dapat dilihat dari perubahan pH air kemih, volume air kemih yang berkurang. 2. Faktor lokal, penyumbatan saluran kemih, infeksi, dan adanya benda asing di saluran kemih adalah penyebab lokal umum dari batu, terutama penyempitan dan kelainan bentuk persimpangan ureter ginjal. 3. Faktor yang berhubungan dengan obat, yang relatif jarang terjadi, sebagian besar ditemukan pada dua jenis obat, yaitu obat dengan konsentrasi tinggi dalam urin tetapi kelarutannya rendah, seperti amfoterisin, dan yang lainnya adalah obat yang menginduksi pembentukan batu, seperti asetazolamide, vitamin D atau C, dan sebagainya. Disarankan untuk secara aktif mencari perhatian medis untuk mengidentifikasi penyebab penyakit dan memberikan pengobatan yang ditargetkan.