Biaya kolonoskopi bervariasi, tergantung pada jenis kolonoskopi yang dilakukan. Untuk kolonoskopi normal, biayanya biasanya$300-400 di rumah sakit perawatan sekunder; di rumah sakit perawatan tersier, biayanya$500-600. Untuk kolonoskopi tanpa rasa sakit, biayanya adalah RMB 500-600 di rumah sakit perawatan sekunder dan RMB 700-800 di rumah sakit perawatan tersier. Jika pemeriksaan patologi perlu dilakukan selama kolonoskopi, biaya yang sesuai dapat meningkat dan pemeriksaan patologi akan ditagihkan bersamaan. Biaya ini juga akan bervariasi tergantung pada tingkat rumah sakit tempat pasien berada. Secara umum, biaya lebih rendah di rumah sakit tingkat kedua dan relatif lebih tinggi di rumah sakit tersier.