Ultrasonografi dapat mengidentifikasi adanya kista di panggul, lokasi kista dan struktur internalnya, tetapi tidak dapat memastikan diagnosis endometriosis. Hal ini karena kadang-kadang sulit untuk membedakan endometriosis dari keganasan ovarium, tuberkulosis dan massa inflamasi. Tergantung pada kondisi pasien, dokter dapat merekomendasikan MRI, sistoskopi, proktoskopi, ultrasonografi ginjal dan ureter, CA125, dll. MRI dapat mengklarifikasi keberadaan dan luasnya invasi rektum, kandung kemih dan ureter dan dapat membantu membedakannya dari keganasan. Endometriosis sering menyerang atau menekan ureter, yang menyebabkan hidronefrosis, bahkan atrofi ginjal dan gagal ginjal kronis. Ultrasonografi ureter kedua ginjal dan CT sistem saluran kemih dapat membantu dalam diagnosis. Sistoskopi bagi mereka yang mengalami nyeri buang air kecil secara periodik, sering buang air kecil dan darah dalam air seni, dan kolonoskopi rektum bagi mereka yang mengalami darah dalam tinja secara periodik dan buang air besar yang menyakitkan, tidak hanya akan mengungkapkan sejauh mana keterlibatan kandung kemih dan mukosa rektum, tetapi juga akan memungkinkan biopsi untuk diagnosis definitif. CA125 bukan merupakan indikator spesifik kanker dan dapat meningkat pada kasus endometriosis, adenomiosis, peradangan dan kondisi fisiologis lainnya seperti menstruasi dan kehamilan. Ini tidak dapat digunakan sendiri untuk mendiagnosis endometriosis. Metode yang paling dikenal untuk mendiagnosis endometriosis adalah laparoskopi. Tidak hanya diagnosis definitif dapat dibuat, tetapi lesi endo juga dapat dihilangkan. Tentu saja diagnosis yang paling akurat tergantung pada patologi pasca-operasi. Jika demikian halnya, apakah mungkin melakukan bedah laparoskopi tanpa tes-tes ini? Tes-tes di atas tidak mengkonfirmasi diagnosis endo, tetapi tes-tes ini dapat membantu dokter bedah untuk menyingkirkan kondisi lain dan mempersempit kelompok orang yang memerlukan pembedahan. Ini membantu dokter bedah untuk menilai tingkat dan derajat endometriosis dan memberikan dasar untuk rencana bedah yang masuk akal. Juga jangan menolak pemeriksaan panggul ginekologi oleh dokter Anda karena beberapa endo nodal dalam sulit dideteksi pada pencitraan dan pemeriksaan panggul dapat membantu diagnosis. Beberapa pasien bertanya apakah kista cokelat mereka akan hilang secara alami. Kista coklat ovarium tidak hilang secara spontan dan bahkan dengan pengobatan pun tidak hilang sepenuhnya. Kebanyakan yang hilang secara spontan adalah kista fisiologis ovarium. Ada dua jenis kista fisiologis yang umum, yang pertama disebut kista folikel, yang biasanya terlihat di tengah periode menstruasi, yaitu selama ovulasi. Yang lainnya adalah kista korpus luteum, yang ditemukan pada paruh kedua menstruasi atau fase luteal. Kista fisiologis ovarium biasanya berukuran kurang dari 5 cm, tanpa gema pada USG (ada pengecualian klinis), dan berhubungan dengan perubahan siklus menstruasi, dan sebagian besar menghilang secara spontan dalam 2-3 bulan tanpa pengobatan. Oleh karena itu, apakah kista ovarium pertama kali terdeteksi selama pemeriksaan ginekologi dengan gejala atau selama pemeriksaan fisik USG, dokter akan menyarankan pasien untuk mengamati kista selama 2-3 bulan dan kemudian meninjau USG untuk menyingkirkan kemungkinan kista fisiologis. Jika kista ovarium tidak hilang dengan sendirinya dalam 3 bulan, dokter akan merekomendasikan pemeriksaan lebih lanjut atau menyarankan pembedahan laparoskopi (terbuka) untuk memperjelas diagnosis.