Beberapa orang percaya bahwa anak-anak dapat sembuh dengan sendirinya seiring dengan perkembangan penis mereka dan operasi dapat ditunda hingga setelah masa pubertas, sementara yang lain percaya bahwa selama diagnosisnya jelas, operasi harus dilakukan sedini mungkin. Selain itu, dalam praktik klinis, keluarga umumnya bersedia melakukan operasi lebih awal karena khawatir perkembangan penis pada anak akan mempengaruhi pertumbuhan dan perkembangannya di masa depan, serta fungsi seksualnya; selain itu, ketika anak tumbuh dewasa, mereka akan menyadari jenis kelamin mereka dan penis mereka akan sangat pendek, sehingga mereka tidak berani buang air kecil dengan orang lain, yang akan mempengaruhi perkembangan psikologis mereka. Hal ini karena semakin muda usia, semakin besar risiko pembedahan, sedangkan setelah usia 3-5 tahun, toleransi pembedahan umumnya baik-baik saja. Untuk penis tersembunyi bawaan, pembedahan adalah pengobatan utama. Untuk anaplasia yang didapat, yang terlihat pada anak-anak yang mengalami obesitas, fokus utamanya adalah mendorong anak untuk menurunkan berat badan, memperhatikan kebersihan, dan melakukan pemeriksaan rutin.