Perbedaan utama antara pengambilan sampel melalui hidung dan orofaring untuk pengujian asam nukleat adalah rute, lokasi, keakuratan pengujian, dan ketidaknyamanan yang ditimbulkan pada tubuh. Pengujian asam nukleat dilakukan dengan mengambil spesimen melalui hidung atau faring (suara) menggunakan usap faring untuk pengujian asam nukleat virus corona baru. Neocoronavirus adalah virus pernapasan, sehingga kemungkinan virus ini berada di saluran pernapasan adalah yang tertinggi. Masuk melalui hidung mungkin menyakitkan dan bahkan rentan terhadap pendarahan, tetapi tempat masuknya mungkin sedikit lebih dalam, dan beberapa orang mungkin mengalami iritasi benda asing yang signifikan, dan bahkan mungkin memiliki reaksi yang tidak nyaman seperti hidung gatal saat bersin. Pengambilan sampel dari faring (tenggorokan) umumnya mudah diterima oleh pasien, tetapi sering kali sulit untuk mencapai dinding faring posterior karena refleks mual yang terjadi ketika hipofisis palatina dan pangkal lidah distimulasi, dan sampel mudah terganggu oleh sejumlah faktor lain seperti air liur. Memilih pengujian saluran pernapasan bagian atas, baik dari rongga hidung atau faring, memiliki keuntungan berupa kesederhanaan, kenyamanan dan kecepatan. Sejauh mana keakuratan kedua metode pengambilan sampel ini berbeda, penelitian belum dapat disimpulkan, tetapi keduanya diakui dan direkomendasikan oleh klinik, jadi silakan merujuk pada rekomendasi tempat pengambilan sampel untuk metode tertentu.