Obat natrium bikarbonat memiliki efek samping tertentu, terutama empat hal berikut: Pertama, tablet natrium bikarbonat bereaksi secara kimiawi dengan asam lambung untuk menghasilkan air dan karbon dioksida, dan penumpukan karbon dioksida yang berkepanjangan di dalam perut dapat menyebabkan peningkatan asam lambung atau sendawa. Kedua, karena obat natrium bikarbonat bersifat iritasi, mual, muntah dan sakit perut dapat terjadi pada organisme dengan saluran pencernaan yang sensitif dan rapuh. Ketiga, jika tubuh mengonsumsi terlalu banyak obat natrium bikarbonat, maka akan menyebabkan peningkatan konsentrasi natrium dalam tubuh. Keempat, konsumsi tablet natrium bikarbonat dalam jangka panjang akan mensintesis asam lambung, yang dapat mengurangi keasaman lambung dan membuat flora saluran pencernaan berpindah dan dengan demikian menyebabkan infeksi. Dalam praktik klinis, obat harus diminum secara ketat sesuai dengan petunjuk dokter untuk penggunaan simtomatik untuk menghindari gejala yang tidak nyaman, dan minum lebih banyak air setelah minum obat untuk mengurangi terjadinya efek samping.