Penyebab kelainan bentuk tangan bawaan termasuk obat-obatan yang dikonsumsi ibu selama kehamilan, paparan radiasi eksternal, dan kelainan bentuk yang terbentuk selama perkembangan embrio. Sebagian besar kelainan bentuk tangan disebabkan oleh faktor genetik bawaan dan ibu harus menghindari konsumsi obat-obatan dan paparan radiasi selama kehamilan untuk mencegah perkembangan kelainan bentuk tangan bawaan. Kelainan bentuk tangan bawaan berpotensi diturunkan kepada keturunannya, karena semua kelainan bentuk tangan bawaan adalah malformasi yang terbentuk selama kehidupan embrio, meninggalkan gen yang rusak dalam tubuh, dan keturunannya telah diketahui mengembangkan kelainan bentuk tangan bawaan.