Flukonazol sebagai obat antijamur memiliki efek samping tertentu dan dapat menyebabkan kerusakan fungsi hati dan ginjal, yang umumnya terlihat pada kasus-kasus berikut ini: 1. Kerusakan fungsi hati: yaitu kerusakan hati yang berhubungan dengan obat, pasien dapat mengalami rasa penuh dan tidak nyaman pada perut bagian kanan atas dan bahkan menginduksi nekrosis sel hati dan hiperplasia pada serat hati, bahkan dapat menyebabkan gagal hati, yang dapat disertai dengan penyakit kuning, gatal-gatal pada kulit, penurunan albumin yang signifikan, dan peningkatan transaminase yang signifikan, dan lain-lain; 2. Gangguan ginjal: Jika terjadi gangguan ginjal, pasien dapat mengalami peningkatan asam urat dan kreatinin. Jika kondisi ini terjadi, pasien harus berhenti menggunakan flukonazol atau menggunakan obat alternatif yang sesuai, sambil menggunakan obat pelindung hati dan ginjal seperti glutathione tereduksi, senyawa glikopirrolat, dan berbagai obat lain, yang dapat mengembalikan fungsi hati dan ginjal pasien ke tingkat yang diinginkan.