Reaksi yang tidak diinginkan seperti demam, kemerahan dan bengkak di tempat suntikan sering terlihat setelah penyuntikan vaksin pneumonia 13-valent. Namun, gejala reaksi samping tersebut relatif ringan dan dapat pulih setelah 48-72 jam. Karena prinsip sebagian besar vaksin adalah menonaktifkan bakteri dan racun virus lalu menyuntikkannya ke dalam tubuh, serangkaian reaksi merugikan dapat terjadi selama proses produksi antibodi. Dalam beberapa kasus, reaksi yang merugikan mungkin lebih terasa dan berlangsung dalam jangka waktu yang lebih lama karena kondisi fisik yang buruk. Namun, jika terjadi demam berulang selama lebih dari 3 hari, mungkin disebabkan oleh alasan lain, tetap disarankan untuk pergi ke rumah sakit tepat waktu, untuk mengklarifikasi penyebab demam, dan pengobatan simtomatik.