Rasa sakit vaksin Hepatitis B tidak terlalu terasa karena vaksin ini diberikan dengan jarum suntik kecil berukuran 1 mL dan merupakan suntikan intramuskular dalam yang lebih mudah diserap. Dalam waktu 1 hari setelah vaksinasi, mungkin ada sedikit rasa sakit yang tersembunyi, dan sebagian besar nyeri otot akan hilang sepenuhnya pada hari kedua. Vaksin Hepatitis B menyebabkan gejala sistemik yang relatif sedikit seperti demam setelah vaksinasi, yang merupakan cara paling efektif untuk mencegah Hepatitis B. Prosedur vaksinasi adalah sebagai berikut. Prosedur vaksinasi hepatitis B adalah 0, 1, 6 bulan, bayi sehat dengan berat badan lebih dari 5 kg setelah lahir harus divaksinasi dalam waktu 24 jam, dan fungsi hati serta lima item hepatitis B harus diperiksa ulang 3 bulan setelah vaksinasi.