Alpha-fetoprotein, juga dikenal sebagai AFP, adalah penanda tumor yang relatif umum digunakan, yang merupakan indikator yang terbentuk terutama dari hepatosit janin dan kantung kuning telur, dan mungkin lebih erat kaitannya dengan kanker hati primer. Diagnosis klinis kanker hati primer dapat ditegakkan jika penanda ini lebih besar dari 400 μg/L selama satu bulan atau lebih besar dari 200 μg/L selama dua bulan, dan jika digabungkan dengan tes pencitraan yang menunjukkan lesi yang menduduki hati. Tentu saja indikator ini, jika sedikit meningkat, tidak mendiagnosis kanker hati. Tumor atau lesi jinak lainnya dapat menyebabkan peningkatan ringan AFP, tidak hanya pada kanker hati primer, tetapi juga pada hepatitis dan tumor reproduksi lainnya, seperti kanker testis, tumor ovarium, dan teratoma ganas.