Profilaksis perioperatif, yang diberikan terlalu dini agar efektif, harus diberikan dalam waktu 0,5-1 jam sebelum kulit mukosa dipotong di lokasi pembedahan, atau pada saat dimulainya pembiusan. Hal ini cukup untuk memastikan bahwa obat antibakteri di dalam tubuh, pada saat lokasi pembedahan terpapar, dapat mencapai konsentrasi obat yang akan membunuh bakteri selama prosedur berlangsung. Obat-obatan khusus, seperti vankomisin, perlu diberikan 1-2 jam sebelum prosedur, lebih dari 2 kali waktu paruh obat, dan obat intraoperatif tambahan dapat dipertimbangkan. Pasien yang menjalani pembedahan rektal dapat diberikan obat antibakteri oral 1 hari sebelum pembedahan, dengan prinsip pemberian sesedikit mungkin.