Perbedaan utama antara tonsilitis dan faringitis adalah bahwa ada perbedaan dalam lokasi yang tepat di mana peradangan terjadi. Pada tonsilitis, kongesti akut dan pembengkakan pada salah satu atau kedua amandel dapat terjadi, dan infeksi purulen lebih lanjut pada amandel dapat terjadi, dengan keluarnya cairan bernanah yang tersebar atau bahkan terus menerus dari permukaan amandel. Situs spesifik peradangan pada pasien faringitis adalah selaput lendir tenggorokan, yang mungkin menjadi tersumbat dan bengkak secara akut, dan bahkan mungkin ada oedema akut pada langit-langit lunak, serta tingkat peradangan dan oedema selaput lendir pita suara, yang mengakibatkan rasa sakit yang signifikan di tenggorokan. Hal ini juga dapat menyebabkan berbagai tingkat suara serak. Karena amandel dan selaput lendir tenggorokan saling berdekatan satu sama lain, ada juga efek timbal balik ketika kondisi peradangan terjadi.