Biasanya kita berbicara tentang pilek sebagai infeksi saluran pernapasan atas yang akut. Amoksisilin dapat mengobati berbagai jenis pilek yang disebabkan oleh bakteri, tetapi tidak efektif melawan pilek akibat virus. Sebagian besar pilek disebabkan oleh virus, seperti rhinovirus, adenovirus, virus influenza, dan beberapa juga disebabkan oleh enterovirus. Pilek yang disebabkan oleh virus biasanya diobati secara simtomatis dan tidak memerlukan obat antibakteri. Beberapa pilek disebabkan oleh bakteri, seperti bakteri kolonisasi mulut haemolytic streptococcus, haemophilus influenzae, dan sebagainya. Amoksisilin memiliki efek membunuh yang kuat terhadap bakteri dan dapat digunakan untuk mengobati jenis pilek ini, tetapi tidak memiliki efek membunuh atau menghambat virus dan tidak dapat digunakan untuk mengobati pilek akibat virus. Amoksisilin perlu digunakan di bawah bimbingan dokter, bukan pengobatan sendiri, perhatikan diet ringan selama penggunaan obat, hindari makanan berminyak dan merangsang, minum lebih banyak air, perhatikan kehangatan dan istirahat.