Prognosis epilepsi neonatal umumnya didasarkan pada tingkat epilepsi jinak dan ganas, dengan variasi yang besar di antara individu. 1. Epilepsi jinak: Prognosis untuk epilepsi jinak biasanya baik, sebagian besar bayi yang baru lahir biasanya dapat mengendalikan kondisinya dengan baik, beberapa bayi yang baru lahir dapat dikontrol dengan pembedahan atau pengobatan, dan jika pasien telah melewati usia timbulnya penyakit, dan individu dalam kondisi fisik yang baik, biasanya tidak akan kambuh lagi. 2. Epilepsi ganas: Jika kondisinya ganas dan disertai dengan sindrom Lennox-Gastaut, prognosisnya mungkin relatif buruk, dan beberapa anak yang terkena dapat menderita gejala sisa, yang mungkin termasuk keterbelakangan mental, epilepsi, kelumpuhan, serta ataksia, hiperaktif, gangguan bicara, gangguan audio-visual, dan disfungsi otak ringan. Prognosis epilepsi neonatal perlu dinilai oleh dokter spesialis, dan pasien dengan gejala epilepsi harus didiagnosis dan diobati sedini mungkin untuk menghindari penundaan pengobatan.